يتولى المعهد المهام الرئيسية التالية
جمع المعلومات الإحصائية الخاصة بالبلاد و معالجتها و تحليلها و نشرها بالتنسيق مع الهياكل العمومية الأخرى للإحصاء
القيام بتنفيذ التعدادات السكانية و المسوح الديموغرافية والإجتماعية و الإقتصادية و إعداد الإحصائيات المستخرجة من مختلف السجلات الإدارية.
تنظيم التوثيق الإحصائي الوطني المتعلق بالنشاط التنموي وذلك بتجميع المعطيات المنتجة من قبل مختلف مكونات المنظومة الوطنية للإحصاء.
التنسيق الفني للأنشطة الإحصائية العمومية بالخصوص من خلال إعداد الطرق و الآليات الإحصائية المستعملة داخل البلاد و مقاربتها مع مثيلاتها في الخارج (المصطلحات، المناهج الإحصائية، المواصفات، التصانيف...)
تنظيم التعاون الدولي في ميدان الإحصاء بين المعهد و عدة جهات أجنبية و يعتبر هذا التعاون عاملا أساسيا في تطوير العمل الإحصائي و أداة مميزة في تنسيق النشاط الإحصائي والتوافق مع الطرق و المصطلحات الإحصائية المتعامل بها دوليا و تبادل الخبرات في مختلف الميادين الإحصائية.
علاوة عن الإدارة العامة يتفرع الهيكل التنظيمي للمعهد على المستويين المركزي و الجهوي كالتالي (الهيكل التنظيمي المفصل بالملحق) :
على المستوى المركزي
كما ترتبط 3 هياكل أخرى مباشرة بالإدارة العامة للمعهد و هي:
على المستوى الجهوي
يمثل المعهد الوطني الإحصاء على مستوى الجهوي 6 إدارات إقليمية تغطي الجهات الكبرى للبلاد
كما يشمل التمثيل الجهوي للمعهد دوائر جهوية متواجدة في مختلف ولايات الجمهورية ما عدى ولايات إقليم تونس والولايات مركز الإدارات الإقليمية (نابل، زغوان، بنزرت، جندوبة، الكاف، سليانة، المنستير، المهدية، صفاقس، القيروان، سيدي بوزيد، قابس، تطاوين، توزر، قبلي)